1、机构设置
办公室
协助局领导处理机关日常政务工作，管理和协调局机关办公事务及人事、文秘、信息、档案、财务、保密、保卫工作；拟订局机关年度工作计划和工作总结、工作制度；负责局综合性文件的起草和大型会议的会务安排；负责办理人大、政协提案、议案和意见；负责局退休干部的管理服务工作。负责编报全区环境统计年报、全区年度环境质量公报；
环境管理科
负责参与制定本区与环境保护相关的经济、技术、资源配置政策措施，组织对区内重大经济政策的环境影响评估；监督实施环境保护国家标准，负责拟定本区环境保护规划和计划，并监督实施；监督管理海洋、大气、水体、土壤、矿山、固体废物、有毒化学品、噪声、振动及机动车等的污染防治工作；组织实施本区排污申报登记及排污许可证、建设项目的环境影响评价等环境管理制度；审查固体废物进口申请书及环境风险评价报告书；审批区权限内开发建设项目、技术改造项目和区域开发项目的环境影响评价报告书（表），并监督环保"三同时"实施，协调城市环境综合整治；组织协调全区实施环境保护目标责任制；协同有关部门开展农业环境保护工作，组织生态环境保护和自然保护区、风景旅游区的调研，编制规划，并监督实施；协助管理辐射环境、放射性废物；协调查处环境污染纠纷、事故和生态破坏事件；指导企事业单位污染治理，监督检查污染治理设施运行处理情况。
生态科
负责区生态办有关工作；负责生态环境保护与建设工作。
法制宣教科
贯彻执行国家环境保护的方针、政策、法律、法规，组织起草本区环保规范性文件，并监督实施；组织开展环境保护行政执法检查，推行行政执法责任制；负责区本级环境法律、法规及环保知识宣传教育；负责环境信息工作，指导全区环境信息网络建设；负责审查行政处罚案件，承办行政诉讼及行政复议事宜；审查排污收费及减免金额事项；组织、协调各类环境保护宣传教育工作，负责对中小学校学生环境教育的指导、总结和推广工作，推动公众和非政府组织参与环境保护工作；协助开展有关环保技术合作、学术交流活动。
2、下属事业单位
普陀区环境执法稽查大队
贯彻国家和地方环境保护的有关法律、法规、政策和规章；依据主管环境保护部门的委托依法对辖区内单位或个人执行环境保护法规的情况进行现场监督、检查，并按规定进行处理；负责废水、废气、固体废物、噪声、放射性物质等超标排污费和排污水费的征收工作；负责排污费财务管理和排污费年度收支预、决算的编制以及排污费财务、统计报表的编报汇审工作；负责对海洋和生态破坏事件的调查，并参与处理；参与环境污染事故、纠纷的调查处理；参与污染治理项目年度计划的编制，负责该计划执行情况的监督检查；承担主管或上级环境保护部门委托的其他任务；核安全设施的监督检查；自然生态保护监察；农业生态环境监察。
普陀区环境监测站
定期进行环境质量例行监测，包括地表水、环境空气、降水、噪声等常规监测工作；
负责辖区内污染源监督监测，包括排污收费监测、排污申报监测、重点污染源监测、环保设施竣工验收监测、污染治理项目环保设施效果测试、污染事故应急监测、污染事故监测等；
编制本区环境监测年鉴、年度和五年环境质量报告书，以及环境要素的年报、季报和月报，负责辖区内建设项目环境质量评价；
向环境管理部门提供各类环境状况分析报告；
向社会提供环境监测、科技咨询服务。
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